Yang Cao Lab药物发现
突破传统分子对接、分子生成、虚拟筛选算法瓶颈，开发具有靶向活性的小分子药物
我们研究并开发了分子对接 （CB-Dock、 FitDock）、亲和力评估 （CYSCORE）、相似性比较（LigMate）、AI分子生成（FitGen） 、药物重定位（DrugRep）等算法，形成了药物分子的筛选、设计、优化全流程自主计算平台，相关软件在本专业领域获广泛应用；通过干湿实验研究，开发了多个针对肿瘤靶标的苗头化合物、老药新用分子。
蛋白设计
研究新一代蛋白设计、模拟、成药性评价算法，开发具有生物功能的人工蛋白
我们研究并开发了蛋白结构建模（CIS-RR）、蛋白二硫键设计（Disulfind）、可溶性评价（EnSAP）等一系列算法；通过干湿实验研究，成功设计出具有靶向结合能力的高稳定性人工蛋白、新型疫苗蛋白。
抗体工程
探索免疫蛋白分子的序列、结构、演化关系，辅助抗体药物筛选和功能改造
我们研究并开发了抗体数据分析（AbRSA、Abalign）、抗体建模（AbCVista）、成药性评估（Abeva）等一系列建模算法与软件，成功设计出多个人源化、活性改造抗体。
软件用户分布
我们开发的算法和软件在学术界和工业界广为流行（截止2025.1）
我们的研究成果发表在Nature Cancer、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Acta Pharmaceutica Sinica B 等专业权威期刊上，4篇论文入选ESI 高被引，一篇入选 ESI热点论文，论文累计引用超过 5000 次。